MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J1926 plasmid

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022051	CAG	2	6	22	27	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_022051	TGAAGC	2	12	29	40	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_022051	TAA	3	9	82	90	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022051	CAA	2	6	175	180	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_022051	ATG	2	6	197	202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022051	T	6	6	384	389	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022051	TCC	2	6	715	720	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_022051	GAT	2	6	1713	1718	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022051	A	7	7	1732	1738	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022051	T	6	6	1741	1746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022051	ATC	2	6	1799	1804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_022051	CTA	2	6	1809	1814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_022051	TAG	2	6	1830	1835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022051	ATTT	3	12	1844	1855	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022051	AAC	2	6	1875	1880	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_022051	TTCT	2	8	1906	1913	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_022051	GATA	2	8	1938	1945	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022051	GTT	2	6	1957	1962	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022051	T	7	7	1979	1985	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022051	TGT	2	6	1992	1997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022051	GACT	2	8	2011	2018	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_022051	A	6	6	2082	2087	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022051	AGA	2	6	2127	2132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022051	A	6	6	2165	2170	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022051	CT	3	6	2229	2234	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_022051	GAGG	2	8	2272	2279	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022051	CTAC	2	8	2327	2334	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_022051	A	7	7	2363	2369	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022051	A	6	6	2378	2383	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022051	CAA	2	6	3639	3644	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_022051	AT	3	6	3663	3668	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022051	T	7	7	3704	3710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022051	TCAAT	2	10	3763	3772	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022051	AAG	2	6	3796	3801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022051	TTC	2	6	4532	4537	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_022051	AAT	2	6	4550	4555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022051	TAAA	2	8	4560	4567	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022051	T	6	6	5077	5082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022051	GAT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022051	TTATT	2	10	5524	5533	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022051	TAT	2	6	5548	5553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022051	TAA	2	6	5589	5594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022051	A	7	7	5653	5659	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022051	AAG	2	6	5677	5682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022051	CTT	2	6	5701	5706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_022051	TGT	2	6	5712	5717	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022051	TGTT	2	8	8216	8223	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022051	TAT	2	6	8230	8235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022051	CATC	2	8	8243	8250	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_022051	CTT	2	6	8303	8308	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_022051	TAA	2	6	8337	8342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022051	ATA	2	6	8379	8384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022051	TAA	2	6	8390	8395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022051	CA	3	6	9096	9101	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_022051	GTTT	2	8	9124	9131	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022051	AT	3	6	9186	9191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022051	AAT	2	6	9194	9199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022051	AGG	2	6	9211	9216	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022051	CTA	2	6	12027	12032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_022051	CAT	2	6	12098	12103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_022051	A	6	6	12110	12115	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022051	AT	3	6	13099	13104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022051	T	6	6	13118	13123	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022051	TC	3	6	13125	13130	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_022051	AC	3	6	13297	13302	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_022051	TTC	2	6	13306	13311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_022051	TAGTA	2	10	13385	13394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022051	TAAT	2	8	13434	13441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022051	TAAA	2	8	13448	13455	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022051	AT	3	6	14735	14740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022051	TA	3	6	14750	14755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022051	TA	3	6	14770	14775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022051	CTT	2	6	14778	14783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_022051	CTAA	2	8	14837	14844	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_022051	TA	3	6	14882	14887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022051	GA	3	6	15026	15031	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022051	GGC	2	6	15883	15888	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_022051	CTT	2	6	15892	15897	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_022051	TAGT	2	8	17410	17417	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022051	AATC	2	8	17431	17438	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_022051	T	9	9	17458	17466	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022051	AAT	2	6	17470	17475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022051	A	6	6	17488	17493	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022051	A	6	6	17507	17512	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022051	GAA	2	6	17516	17521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022051	GAAC	2	8	17531	17538	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_022051	TC	3	6	17566	17571	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_022051	T	6	6	17572	17577	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022051	TTTG	2	8	17604	17611	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022051	TTG	2	6	17644	17649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022051	GAG	2	6	17650	17655	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022051	TC	3	6	20577	20582	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022051	CCT	2	6	20584	20589	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_022051	AT	3	6	20593	20598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022051	TAA	2	6	20602	20607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022051	ATA	2	6	20647	20652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022051	A	6	6	20679	20684	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022051	TA	3	6	20702	20707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022051	ATT	2	6	20709	20714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022051	GTA	2	6	20716	20721	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022051	AATT	2	8	20745	20752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022051	AT	3	6	20793	20798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022051	A	7	7	20803	20809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022051	AT	3	6	20825	20830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022051	TA	4	8	20864	20871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022051	TA	3	6	20914	20919	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022051	A	7	7	21100	21106	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022051	AATT	2	8	23017	23024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022051	ACC	2	6	23218	23223	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_022051	GAA	2	6	26463	26468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022051	CAAG	2	8	26571	26578	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_022051	ATTA	2	8	26589	26596	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022051	ATAA	2	8	26604	26611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022051	TTA	2	6	26675	26680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022051	ACC	2	6	28205	28210	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_022051	ACC	2	6	28239	28244	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_022051	GTAA	2	8	28245	28252	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022051	ACC	2	6	28274	28279	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_022051	ATT	2	6	28425	28430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022051	T	6	6	28458	28463	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022051	TTC	2	6	28491	28496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_022051	AGG	2	6	30960	30965	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022051	GAG	2	6	31757	31762	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022051	T	7	7	31763	31769	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022051	AAT	2	6	31774	31779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022051	T	8	8	31813	31820	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022051	G	6	6	32405	32410	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022051	TTTA	2	8	32766	32773	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022051	AAAAG	2	10	32801	32810	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022051	A	6	6	32828	32833	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022051	AAATA	2	10	32858	32867	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022051	TAT	2	6	32872	32877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022051	TAC	2	6	34944	34949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_022051	TCAA	2	8	39847	39854	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022051	TCC	2	6	41254	41259	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_022051	A	7	7	41262	41268	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022051	ACC	2	6	41291	41296	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_022051	TCA	2	6	41316	41321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_022051	ATTG	2	8	41356	41363	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022051	TA	3	6	41371	41376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022051	ACAAA	2	10	41417	41426	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_022051	TAA	2	6	41438	41443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022051	TAT	2	6	41517	41522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022051	ATT	2	6	41552	41557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022051	CTTT	2	8	41558	41565	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022051	TGTCAG	2	12	41694	41705	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_022051	ATA	2	6	41720	41725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022051	A	7	7	41746	41752	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022051	T	6	6	41777	41782	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022051	ACT	2	6	41788	41793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_022051	T	7	7	41803	41809	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022051	CTTTT	2	10	41821	41830	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_022051	GTA	2	6	41841	41846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_022051	ATA	2	6	41906	41911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_022051	TTGA	2	8	41922	41929	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
156	NC_022051	TA	3	6	41947	41952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_022051	CTT	2	6	41991	41996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_022051	T	7	7	42038	42044	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_022051	AGT	2	6	42049	42054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_022051	ATT	2	6	42277	42282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_022051	GAA	2	6	42295	42300	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_022051	GAG	2	6	42308	42313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_022051	CTT	2	6	43031	43036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_022051	TTA	2	6	43071	43076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_022051	TAA	2	6	43084	43089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_022051	ATA	2	6	43090	43095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_022051	TACATT	2	12	43103	43114	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_022051	TAA	2	6	43144	43149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_022051	ACT	2	6	43178	43183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_022051	TTA	2	6	43228	43233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_022051	TAA	2	6	43258	43263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_022051	AAG	2	6	44575	44580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
173	NC_022051	TCTT	2	8	44640	44647	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
174	NC_022051	T	8	8	44646	44653	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_022051	AAG	2	6	44712	44717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_022051	ATC	2	6	44721	44726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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178	NC_022051	GAA	2	6	44769	44774	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
179	NC_022051	TTC	2	6	46358	46363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_022051	CCT	2	6	46364	46369	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
181	NC_022051	TAT	2	6	46401	46406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_022051	T	7	7	46462	46468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_022051	AGG	2	6	47135	47140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
184	NC_022051	AAG	2	6	49530	49535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_022051	GAT	2	6	49536	49541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_022051	AGG	2	6	51622	51627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
187	NC_022051	ATTA	2	8	51848	51855	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_022051	AGG	2	6	51857	51862	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
189	NC_022051	TA	3	6	52463	52468	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_022051	TAA	2	6	52531	52536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_022051	TGA	2	6	52541	52546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
192	NC_022051	AAATC	2	10	52555	52564	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_022051	GAAC	2	8	52572	52579	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
194	NC_022051	AG	3	6	52625	52630	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
195	NC_022051	T	6	6	53151	53156	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_022051	TCA	2	6	53460	53465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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198	NC_022051	GTTTT	2	10	53981	53990	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_022051	GAC	2	6	53992	53997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.